A estrutura organizacional é o molde legal que define como se darão as relações entre os cooperados bem como as relações institucionais da cooperativa com os diversos atores da sociedade: outras cooperativas, empresas privadas, poder público, instituições públicas etc.
No Brasil é a LEI no 12.690, DE 19 DE JULHO DE 2012 que rege o cooperativismo, diz o que são as cooperativas, como devem ser formadas e liquidadas, a quem servem, como devem ser estruturadas etc.
Quanto ao Conselho de Administração ou Diretoria, a lei determina que sejam eleitos, dentre os cooperados, os administradores pela Assembléia Geral, com mandato nunca superior a quatro anos e com a renovação obrigatória de no mínimo 1/3 (um terço) por eleição.
No Conselho de Administração participam no mínimo, 3 (três) membros efetivos. Estes membros podem ser designados como coordenador geral, administrativo e financeiro, ou conforme a necessidade de cada cooperativa.
O Conselho de Administração é responsável pela execução das atividades-meio da cooperativa, tais como as administrações financeira e do fundo de reserva, negociação de contratos, divulgação de produtos e/ou serviços, negociações de compra: de matérias primas, materiais de apoio etc., das negociações de venda de produtos e/ou serviços etc.
O Conselho de Administração rege-se pelas seguintes normas:
I – Reúne-se ordinária e independentemente de convocação ou pauta prévia, uma vez por mês, conforme programação fixada.
II – Extraordinariamente, sempre que necessário, por convocação do Diretor Presidente:
do Coordenador ou da maioria dos conselheiros fiscais.